Bei der neuen APP ist im Gegensatz zur alten aber nur noch 1 Ladezeit möglich, was ziemlicher Quatsch ist.
Das von Dir beschriebene Problem kann ich nicht nachvollziehen: Gehe ich der neuen App (6.0.4, Android) auf "Ladesteuerung" und dort auf "Ladeplanung", werden mir dort die 5 Programme angezeigt - genau wie in der vorangegangenen App-Version.
Ich glaube, das nächste Auto wird ein TESLA 😂
OT Google mal "tesla 12v batterie leer" 
aber Hauptaugenmerk muss das BMS bzw. der Bordlader sein, denn der sollte max. 8-9 A in den Akku pumpen dürfen
Das regelt sich normalerweise selbst, wenn eine intakte 12-V-Batterie angeschlossen ist: Im Auto wird die Batterie "spannungsgesteuert" geladen - der Generator eines Verbrenners liefert bei erhöhter Drehzahl auch bis zu 14,7 V und auch da gibt es keine besondere Vorrichtung zur Begrenzung des Ladestroms. Das regelt sich von selbst, indem die Batterie beim Laden relativ schnell eine "Gegenspannung" aufbaut und so für die Begrenzung des Ladestroms sorgt. Genau das wird bei einer defekten Batterie mit Zellenschluss nicht mehr funktionieren, daher der hohe Strom.
aber nicht wenn er am Ladegerät hängt, warum sollte er auch anspringen bei über 14V Ladespannung.
Das wäre logisch - aber können wir absolut sicher sein, dass das Programm im Steuergerät auch dieser Logik folgt? Auch an anderen Stellen in der Zoe wurden schon Unplausibilitäten beobachtet.
Ich lade auch von Zeit zu Zeit mit dem c-tek, weil ich das für unkritisch halte - aber einen (Mega-)Pulser oder ein Ladegerät im Desulfatierungs-Modus würde ich aufgrund der unbekannten Verhältnisse bezüglich des DC-DC-Wandlers (galvanisch getrennt oder nicht) an der Zoe-Batterie vorsichtshalber nur im abgeklemmten Zustand nutzen.
Warum soll der DC/DC-Wandler anspringen, [...]
1. wissen wir nicht, ob der DC-DC-Wandler im Ruhezustand galvanisch vom 12-V-Bordnetz getrennt ist
2. wissen wir nicht, nach welchen Kriterien der DC-DC-Wandler aktiviert wird - definitiv startet er auch dann, wenn die Zoe "schläft", ich habe das schon öfter beim Betreten der Garage (ohne Keycard) erlebt: Die LED an der Feststellbremse leuchtet und der DC-DC-Wandler läuft.
Batterie-Ladegerät mit Wiederbelebungs-Funktion (Desulfatierung)
Da hätte ich Bedenken, dem DC-DC-Wandler Schaden zuzufügen - immerhin schreibt Renault ins Handbuch, man dürfe kein Ladegerät anschließen. Oder hast du in deiner Beschreibung den Schritt "Batterie abklemmen" als selbstverständlich vorausgesetzt?
aber die Spannung reicht nicht für „Keyless go“, immerhin öffnet der Wagen auf Knopfdruck,
Da stimmt was nicht. Evtl. hast du einen zu hohen Ruhestrom - das scheint bei einigen Zoes ein Problem (Steuergeräte, Firmware) zu sein, ist aber normalerweise nicht die Regel, denn dafür funktionieren zu viele Zoes (wie z.B. auch unsere) ohne Probleme.
im Verbrenner braucht es die Batterie nur zum Starten, beim E-Auto wird die Batterie zyklisch Entladen und nach Unterschreiten einer bestimmten Spannung wieder geladen
OT (aber relevant für die Beurteilung des Sachverhalts)
Nein! Wenn man die Spannung im Bordnetz der Zoe mal im Betrieb beobachtet, verhält sie sich genau wie ein Verbrenner: Sobald der "Motor läuft", liegt die Spannung im Bordnetz bei 13,5 - 13,8 V (wie beim Verbrenner im Leerlauf), im Fahrbetrieb steigt die Spannung immer wieder für eine gewisse Zeit auf ~14,7 V (wie beim Verbrenner bei erhöhter Drehzahl). Der DC-DC-Wandler hat dem Vernehmen nach eine Leistung von 2-3 kW (!), kann also wie die Lichtmaschine des Verbrenners (oder sogar besser) auch Großverbraucher wie die Servolenkung oder das Bremssystem versorgen, ohne dass die 12-V-Batterie Strom "zuschießen" muss. Von zyklischem Entladen würde ich da nicht sprechen wollen...
EOT
Ein wichtiger Punkt ist die Zyklenfestigkeit ...
Wieso? Die 12-V-Batterie wird ganz ähnlich wie im Verbrenner belastet, sie wird auch ganz normal im Fahrbetrieb (und bei Phase 2 bedarfsweise sogar im Stand) geladen wie bei einem Verbrenner mit Generator auch. Also kein typischer zyklischer Betrieb - lediglich der hohe Startstrom eines Anlassers entfällt bei der Zoe.
Dafür habe ich irgendwo in einem anderen Forum von einem Versuch gelesen, eine LiFePo-Batterie mit integriertem BMS als Alternative zur Bleibatterie einzubauen - der wurde abgebrochen, weil die 12-V-Ladetechnik der Zoe und das BMS des Li-Akkus nicht miteinander kompatibel waren.
meine Meganes 3 und 4 hatten dasselbe Problem.
...und nicht nur die: Ich weiß nicht, wann genau das angefangen hat, aber diese Kombi aus grob unterschiedlich langen Wischblättern mit den entsprechenden negativen Effekten findet man heute bei vielen Autos.
Scheint eine Art Mode zu sein... 
